KEMIJSKI RJEČNIK

oblik molekule    →   molecular shape

Oblik molekule je trodimenzionalni razmještaj atoma u prostoru oko centralnog atoma. Molekularna formula spoja ne može nam ukazati na njegov oblik. Na primjer, CO₂ je linearna molekula a SO₂ savijena.

Trodimenzionalni oblik mnogih malih molekula može se predvidjeti teorijom odbijanje elektronskih parova valentne ljuske (VSEPR). Kada se atomi kombiniraju u molekulu, parovi valentnih elektrona razmještaju se na najvećoj mogućoj udaljenosti jedan od drugoga. Drugi način za opisivanje oblika molekula je pomoću hibridiziranih orbitala.

monosaharid    →   monosaccharide

Monosaharidi su ugljikohidrati, opće formule C_n(H₂O)_n, koji se hidrolizom ne mogu rastaviti na jednostavnije ugljikohidrate.

Ovisno o tome sadrže li aldehidnu (RCHO) ili keto skupinu (RCOR’) monosaharidi mogu biti polihidroksi aldehidi ili polihidroksi ketoni. Aldehidna odnosno keto skupina odgovorne su za redukcijska svojstva monosaharida. Monosaharidi se mogu podijeliti i prema broju ugljikovih atoma u ugljikovodičnom lancu pa tako imamo trioze s tri ugljikova atoma, tetroze s četiri, pentoze s pet, heksoze sa šet, heptoze sa sedam itd. Ova dva sustava podjele često se kombiniraju. Primjerice, D-glukoza, polihidroksi aldehid, je aldoheksoza a fruktoza, polihidroksi keton, je ketoheksoza.

Oznake D i L često se koriste da opišu konfiguraciju ugljikohidrata. U Fischerovoj projekcijskoj formuli, karbonilna skupina je uvijek smještena na vrh (u slučaju aldoza) ili što je moguće bliže vrhu (u slučaju ketoza). Ako se OH skupina na asimetričnom ugljikovom atomu najudaljenijem od karbonilne skupine (drugom odozdo) nalazi s desne strane imamo D-šećer, a ako je s lijeve strane, L-šećer. Uz rijetke iznimke svi šećeri u prirodi su D-šećeri.

Otvoreni lanac monosaharida može intramolekularnom ciklizacijom preći u prstenastu strukturu. Ciklizacijom nastaju dva konfiguracijska izomera, točnije dijastereomera (anomera), jer se ciklizacijom planarna karbonilna skupina pretvara u asimetrični ugljikov atom. Anomer kod kojeg je konfiguracija anomernog ugljika ista kao konfiguracija referentnog asimetričnog ugljika u Fischerovoj projekciji označava se kao α-anomer, a ako je konfiguracija različita radi se o β-anomeru.

Onsagerove relacije    →   Onsager relations

Onsagerove relacije su važan set jednadžbi u termodinamici ireverzibilnih procesa. Onsager je uzeo da postoji linearna ovisnost struja (J_i)o silama (X_j) i to formulirao na sljedeći način:

Koeficijenti L_ij nazivaju se fenomenološkim koeficijentima i karakteriziraju uzajamni utjecaj dvaju nepovratnih procesa i i j. Onsager je pretpostavio da su L_ij = L_ji i da karakteriziraju međusobni utjecaj dvaju nepovratnih procesa i i j. Ovu teoriju je 1931. predstavio norveški kemičar Lars Onsager (1903.-1976.).

fenilalanin    →   phenylalanine

Fenilalanin je hidrofobna aminokiselina s aromatskim pobočnim lancem. Zbog svoje velike hidrofobnosti jako je slabo topljiv u vodi i obično se smješta u unutrašnjost bjelančevina. Ovaj lanac nije reaktivan ali igra važnu ulogu u stabiliziranju bjelančevina svojim hidrofobnim interakcijama. Fenilalanin je esencijalna aminokiselina koju ljudski organizam ne može sintetizirati te se mora unijeti preko hrane.

• Kratice: Phe, F
• IUPAC ime: 2-amino-3-fenilpropanska kiselina
• Molekularna formula: C₉H₁₁NO₂
• Molekularna masa: 165.19 g/mol

prolin    →   proline

Prolin je hidrofobna aminokiselina s alifatskim pobočnim lancem prepoznatljive cikličke strukture. Sekundarna amino skupina (bolje rečeno imino skupina) zajedno s konformacijskim ograničenjima njegovog prstena smanjuju strukturnu fleksibilnost polipeptida. U područjima bjelančevina koje sadrže prolin dolazi do smanjenja fleksibilnosti. Prolin nije esencijalna aminokiselina jer je ljudski organizam može sintetizirati.

• Kratice: Pro, P
• IUPAC ime: pirolidin-2-karbonska kiselina
• Molekularna formula: C₅H₉NO₂
• Molekularna masa: 115.13 g/mol

relativna molekularna masa    →   relative molecular mass

Relativna molekularna masa (M_r) neke tvari jest omjer prosječne mase formulske jedinke i 1/12 mase atoma nuklida ¹²C, odnosno relativna molekularna masa jednaka je zbroju relativnih atomskih masa koje čine formulsku jedinku. Tako bi relativna molekularna masa sulfatne kiseline, M_r(H₂SO₄) bila:

M_r(H₂SO₄) = 2·A_r(H) + A_r(S) + 4·A_r(O)

= 2·1.0079 + 32.066 + 4·15.999

= 2.0158 + 32.066 + 63.996

= 98.078

salinitet    →   salinity

Salinitet (S) je mjera za količinu otopljenih soli u morskoj vodi. Salinitet je definiran kao ukupna količina otopljenih soli u morskoj vodi u promilima, ‰, (djelovima na tisuću) kada se svi karbonati pretvore u okside, bromidi i jodidi u kloride i kada se sve organske tvari kompletno oksidiraju.

Klorinitet je najstarija metoda za mjerenje saliniteta koja, temeljem ideje o stalnom omjeru otopljenih komponenti morske vode, pruža uvid u ukupnu količinu otopljenih soli u morskoj vodi mjerenjem koncentracije halida (klorida, bromida i jodida). Odnos između kloriniteta (Cl) i saliniteta dan u Knudsenovim tablicama jest

Ova formula koristila se do 1962., kada je JPOTS (Joint Panel for Oceanographic Tables and Standards) odredilo novu konstantu proporcionalnosti u Knudsenovoj formuli

U međuvremenu, razvoj uređaja za mjerenje električne vodljivosti doveo je do brze, jeftine i precizne metode za određivanja slanosti morske vode. Uveden je Praktični salinitet (S_P) kao zamjena za salinitet dobiven mjerenjem kloriniteta. Skala praktičnog saliniteta (Practical Salinity Scale 1978, PSS-78) definirana je preko K₁₅, odnosno odnosa električne vodljivosti uzorka mora pri t₆₈ = 15 °C i tlaku od jedne standardne atmosfere i otopine kalijevog klorida (KCl) u kojoj je maseni udio KCl točno 0.0324356 (32.4356 g KCl otopljeno je u 1 kg otopine) pri istom tlaku i temperaturi.

Praktični salinitet je bezdimenzijska veličina iako mu ponekad (pogrešno) pripisuju jedinicu "psu". U većini slučajeva može se pretpostaviti da su psu i ‰ sinonimi.

Prosječni salinitet morske vode je 35 ‰, što je oko 35 g soli otopljeno u 1 kg morske vode.

serin    →   serine

Serin je neutralna aminokiselina s polarnim pobočnim lancem. To je jedna od dvije aminokiseline koje sadrže hidroksilnu skupinu u pobočnom lancu (druga je treonin). Obje su jako hidrofilne zbog mogućnosti stvaranja vodikove veze. U mnogim enzimima na aktivnim mjestima nalazi se serin čija je funkcija da posluži kao nukleofilni centar. Serin je mjesto na kojem dolazi do fosforilacije i glikolizacije što je važno za regulaciju enzima i staničnu signalizaciju. On je neesencijalna aminokiselina koja se sintetizira u ljudskom tijelu od drugih metabolita i glicina.

• Kratice: Ser, S
• IUPAC ime: 2-amino-3-hidroksipropanska kiselina
• Molekularna formula: C₃H₇NO₃
• Molekularna masa: 105.09 g/mol

konstanta produkta topljivosti    →   solubility product constant

Konstanta produkta topljivosti (K_sp ili K_pt) umnožak je ravnotežnih koncentracija (točnije aktiviteta) iona taloga podignutih na potenciju svog stehiometrijskog faktora u ravnotežnoj jednadžbi. Za bilo koji spoj opće formule A_aB_b

konstanta produkta topljivosti iznosi

Što je manja vrijednost konstante produkta topljivosti, to je manja topljivost tvari.

stehiometrijski koeficijent    →   stoichiometric coefficient

Stehiometrijski koeficijent (ν) jest broj koji se nalazi ispred formule svakog spoja u jednadžbi kemijske reakcije. Ako ne piše nijedan broj ispred formule, stehiometrijski koeficijent je 1. Prema konvenciji negativan je za reaktante a pozitivan za produkte.

Stehiometrijski koeficijenti opisuju stehiometriju kemijske reakcije.

U ovoj reakciji, a, b, c i d predstavljaju stehiometrijske koeficijente A, B, C i D.