KEMIJSKI RJEČNIK

serin    →   serine

Serin je neutralna aminokiselina s polarnim pobočnim lancem. To je jedna od dvije aminokiseline koje sadrže hidroksilnu skupinu u pobočnom lancu (druga je treonin). Obje su jako hidrofilne zbog mogućnosti stvaranja vodikove veze. U mnogim enzimima na aktivnim mjestima nalazi se serin čija je funkcija da posluži kao nukleofilni centar. Serin je mjesto na kojem dolazi do fosforilacije i glikolizacije što je važno za regulaciju enzima i staničnu signalizaciju. On je neesencijalna aminokiselina koja se sintetizira u ljudskom tijelu od drugih metabolita i glicina.

• Kratice: Ser, S
• IUPAC ime: 2-amino-3-hidroksipropanska kiselina
• Molekularna formula: C₃H₇NO₃
• Molekularna masa: 105.09 g/mol

standard    →   standard

Standardi su materijali koji sadrže točno poznatu koncentraciju analita. Služe za referentno određivanje nepoznate koncentracije ili kalibriranje analitičkih uređaja.

Točnost analitičkih mjerenja ovisi o tome koliko je rezultat blizu stvarnoj vrijednosti. Određivanje točnosti mjerenja obično zahtijeva kalibraciju analitičke metode s poznatim standardom. Ovo se često čini s nekoliko standarda različitih koncentracija nakon čega se pravi kalibracijska ili radna krivulja.

Koncentracija standardne otopine obično se određuje ili preciznim vaganjem potrebne količine čiste supstancije i otapanjem u točno poznatom volumenu (primarni standard) ili se vaganjem i otapanjem pripremi otopina približne koncentracije, a točna se koncentracija odredi titracijom s otopinom poznate koncentracije (sekundarni standard).

treonin    →   threonine

Treonin je neutralna aminokiselina s polarnim pobočnim lancem. To je jedna od dvije aminokiseline koje sadrže hidroksilnu skupinu u pobočnom lancu (druga je serin). Za razliku od serina treonin ima sekundarnu hidroksilnu skupinu. Kako ima dva kiralna središta može imati četiri stereoizomera. Treonin je mjesto na kojem dolazi do fosforilacije i glikolizacije što je važno za regulaciju enzima i staničnu signalizaciju. Treonin je esencijalna aminokiselina koju ljudski organizam ne može sintetizirati te se mora unijeti hranom.

• Kratice: Thr, T
• IUPAC ime: 2-amino-3-hidroksibutanska kiselina
• Molekularna formula: C₄H₉NO₃
• Molekularna masa: 119.12 g/mol

škrob    →   starch

Škrob C₆H₁₀O5)_x je polisaharid koji biljke koriste za skladištenje molekula glukoze. Nakuplja se u plodovima, sjemenkama, gomoljima i korijenju. Škrob je smjesa dvaju različitih polimera, amiloze (oko 20 %) i amilopektina (oko 90 %). Amiloza je netopljiva u hladnoj vodi, dok je amilopektin topljiv. Amiloza se sastoji od nekoliko stotina ostataka glukoze međusobno povezanih α(1→4)-glikozidnim vezama. Amilaza s jodom daje karakteristično intenzivno ljubičasto obojenje. Amilopektin je razgranati polimer sastavljen od dugog lanca, od nekoliko tisuća, ostataka glukoze međusobno povezanih α(1→4)-glikozidnim vezama i pobočnih lanaca koji su s njima povezani α(1→6)-glikozidnim vezama (prosječno na svakih 25 ostataka glukoze). Amilopektin s jodom daje blijedocrveno obojenje.

Probava škroba započinje u ustima djelovanjem amilaze, probavnog enzima prisutnog u slini. Razgradnja se nastavlja u tankom crijevu enzimima što ih izlučuje gušterača. Konačni produkt, molekule glukoze, apsorbiraju se u krvotok i prenose do jetre. Glikozidaze su u svom djelovanju jako specifične. One mogu hidrolizirati α-glikozidnu vezu u škrobu i glikogenu ali ne i β-glikozidnu vezu u celulozi. Škrob je važan sastojak u prehrani a široko se upotrebljava i u proizvodnji ljepila, farmaciji i medicini.

toksin    →   toxin

Toksini su specifični i veoma učinkoviti otrovi koje proizvode živi organizmi. Obično se sastoje od aminokiselinskog lanca čija molekulska težina varira od nekoliko stotina (peptidi) do nekoliko stotina tisuća (bjelančevine). Oni, također, mogu biti i niskomolekularni organski spojevi. Toksine proizvode brojnih organizmi, primjerice bakterije, gljivice, alge ili biljke. Mnogi su od njih ekstremno otrovni; toksičnost im je i za nekoliko redova veličina veća od živčanih bojnih otrova. Botulin, toksin koji proizvodi bakterija Clostridium botulinum, najotrovnija je poznata tvar.

triptofan    →   tryptophan

Triptofan je hidrofobna aminokiselina s aromatskim pobočnim lancem. Od ostalih aminokiselina razlikuje po indolnom prstenu u svojoj strukturi. Triptofan ima najveći pobočni lanac i obično se nalazi duboko u unutrašnjosti bjelančevine. Iako je najrjeđa aminokiselina važan je za stabilnost bjelančevina. Zbog svoje apsorpcije UV svjetla (kod 280 nm) služi kao sonda za praćenje konformacijskih promjena pri biokemijskim procesima. Za ljude, triptofan je esencijalna aminokiselina što znači da se ne može sintetizirati u organizmu već ga je potrebno unijeti hranom.

• Kratice: Trp, W
• IUPAC ime: 2-amino-3-(1H-indol-3-il)propanska kiselina
• Molekularna formula: C₁₁H₁₂N₂O₂
• Molekularna masa: 204.23 g/mol

tirozin    →   tyrosine

Tirozin je hidrofobna aminokiselina s aromatskim pobočnim lancem. Njegov veliki pobočni lanac obično ga smješta duboko u unutrašnjost bjelančevine. Tirozin ima specijalna svojstva zbog hidroksilne skupine na kraju svog pobočnog lanca koja može djelovati kao snažni nukleofilni centar (kad je ionizirana) u aktivnom mjestu enzima. On je često mjesto za fosforilaciju kod stanične signalizacije. Tirozin doprinosi apsorpciji UV zračenja bjelančevina (bjelančevine apsorbiraju UV zračenje između 275 i 280 nm). Ovo nije esencijalna aminokiselina jer se može sintetizirati u organizmu iz drugih metabolita.

• Kratice: Tyr, Y
• IUPAC ime: 2-amino-3-(4-hidroksifenil)propanska kiselina
• Molekularna formula: C₉H₁₁NO₃
• Molekularna masa: 181.19 g/mol

valin    →   valine

Valin je hidrofobna aminokiselina s alifatskim pobočnim lancem. To je jedna od tri aminokiseline koje imaju razgranati pobočni lanac (druge dvije su leucin i izoleucin). Ovaj lanac nije reaktivan ali igra važnu ulogu u stabiliziranju bjelančevina svojim hidrofobnim interakcijama. Valin i treonin imaju približno isti oblik i volumen (hidroksilna skupina u treoninu zamijenjena je metilnom) i u strukturi bjelančevine teško ih je razlikovati. Valin je esencijalna aminokiselina koju ljudski organizam ne može sintetizirati te se mora unijeti preko hrane.

• Kratice: Val, V
• IUPAC ime: 2-amino-3-metilbutanska kiselina
• Molekularna formula: C₅H₁₁NO₂
• Molekularna masa: 117.15 g/mol

dipolarni ion    →   zwitterion

Dipolarni ili dvojni ion (zwitterion), poznat i kao unutarnja sol, jest ion koji ima pozitivan i negativan naboj na različitim mjestima iste molekule. Kako ion na sebi istovremeno ima suprotne naboje električki je neutralan. Dipolarni ioni nastaju iz spojeva koji u svojim molekulama imaju i kisele i bazne skupine (amfoliti).

Sve aminokiseline koje se mogu naći u bjelančevinama (proteinima) su amfoliti je sadrže kiselu karboksilnu skupinu (-COOH) i baznu amino skupinu (-NH₂). Aminokiseline u čvrstom stanju nalaze se u obliku dipolarnog iona. Dodatkom kiseline u otopinu koja sadrži dipolarne ione aminokiseline karboksilatna skupina prima proton (H⁺) i aminokiselina postaje pozitivno nabijena. Dodatkom lužine amino skupina gubi proton pri čemu aminokiselina postaje negativno nabijena.

Kitozan    →   Chitosan

Kitozan (u trgovinama dolazi i pod imenom hitozan) linaearni je polisaharid sastavljen od slučajno raspoređenih jedinica N-acetil D-glukozamina i D-glukozamina. Dobiva se djelomičnom deacetilacijom prirodnog polimera hitina. Da bi se nazvao kitozan, deacetilirani hitin treba sadržavati minimalno 60 % slobodnih amino skupina u polimeru. Zahvaljujući amino skupinama D-glukozamina, kitozan je moguće protonirati (nastaje polikation velike gustoće naboja), što je jedan od uzroka jedinstvenih svojstava ovog biopolimera, kao što su topljivost u vodi, antibakterijska svojstva, biorazgradnja bez toksičnih otpada i biokompatibilnost.