KEMIJSKI RJEČNIK

hidrofobne interakcije    →   hydrophobic interaction

Hidrofobne interakcije su tendencija ugljikovodika (ili ugljikovodicima sličnim skupinama u otopinama) da stvaraju intermolekularne nakupine u vodenoj sredini, i analogne intramolekularne interakcije. Ime je nastalo od pojave "mržnje" između vode i ugljikovodika. Ne preporučuje se upotreba zbunjujućeg alternativnog izraza hidrofobna veza.

alanin    →   alanine

Alanin je jedna od najjednostavnijih i najzastupljenijih aminokiselina u bjelančevinama. To je hidrofobna aminokiselina s alifatskih bočnim lancem i, kao i sve nepolarne hidrofobne aminokiseline, ima tendenciju da se okuplja u tijelu bjelančevine i svojim hidrofobnim interakcijama stabilizira joj strukturu. Alanin nije esencijalna aminokiselina, što znači da je ljudsko tijelo može sintetizirati i da je nije potrebno unositi izravno hranom.

• Kratice: Ala, A
• IUPAC ime: 2-aminopropanska kiselina
• Molekularna formula: C₃H₇NO₂
• Molekularna masa: 89.09 g/mol

glicin    →   glycine

Glicin najjednostavnije je građena aminokiselina. Iako je nepolaran ne doprinosi hidrofobnim interakcijama. Nedostatak pobočnog lanca daje glicinu mnogo veću konformacijsku slobodu ugradnje u bjelančevine. Nalazi se u sastavu gotovo svih bjelančevina i to u visokom postotku. To je ujedno i jedina aminokiselina koja nije optički aktivna. Glicin nije esencijalna aminokiselina i u najvećoj mjeri nastaje iz serina, ali se može dobiti i iz treonina.

• Kratice: Gly, G
• IUPAC ime: 2-aminooctena kiselina
• Molekularna formula: C₂H₅NO₂
• Molekularna masa: 75.07 g/mol

leucin    →   leucine

Leucin je hidrofobna aminokiselina s alifatskim pobočnim lancem. To je jedna od tri aminokiseline koje imaju razgranati pobočni lanac (druge dvije su valin i izoleucin). Ovaj lanac nije reaktivan ali igra važnu ulogu u stabiliziranju bjelančevina svojim hidrofobnim interakcijama. Razgranate bjelančevine čine do 25 % sadržaja prosječne bjelančevine. Leucin je esencijalna aminokiselina koju ljudski organizam ne može sintetizirati te se mora unijeti preko hrane.

• Kratice: Leu, L
• IUPAC ime: 2-amino-4-metilpentanska kiselina
• Molekularna formula: C₆H₁₃NO₂
• Molekularna masa: 131.17 g/mol

metionin    →   methionine

Metionin je neutralna aminokiselina s polarnim pobočnim lancem. On je jedna od dvije aminokiseline koje u svojoj strukturi imaju sumpor (druga je cistein). Metionin je hidrofobna aminokiselina i obično se može naći u unutrašnjosti bjelančevine. Može stupiti u interakciju s aromatskim prstenima aromatskih aminokiselina i važan je nositelj metilenske skupine za metiliranje. Metionin je esencijalna aminokiselina koju ljudski organizam ne može sintetizirati te se mora unijeti preko hrane.

• Kratice: Met, M
• IUPAC ime: 2-amino-4-metilsulfanilbutanska kiselina
• Molekularna formula: C₅H₁₁NO₂S
• Molekularna masa: 149.21 g/mol

fenilalanin    →   phenylalanine

Fenilalanin je hidrofobna aminokiselina s aromatskim pobočnim lancem. Zbog svoje velike hidrofobnosti jako je slabo topljiv u vodi i obično se smješta u unutrašnjost bjelančevina. Ovaj lanac nije reaktivan ali igra važnu ulogu u stabiliziranju bjelančevina svojim hidrofobnim interakcijama. Fenilalanin je esencijalna aminokiselina koju ljudski organizam ne može sintetizirati te se mora unijeti preko hrane.

• Kratice: Phe, F
• IUPAC ime: 2-amino-3-fenilpropanska kiselina
• Molekularna formula: C₉H₁₁NO₂
• Molekularna masa: 165.19 g/mol

valin    →   valine

Valin je hidrofobna aminokiselina s alifatskim pobočnim lancem. To je jedna od tri aminokiseline koje imaju razgranati pobočni lanac (druge dvije su leucin i izoleucin). Ovaj lanac nije reaktivan ali igra važnu ulogu u stabiliziranju bjelančevina svojim hidrofobnim interakcijama. Valin i treonin imaju približno isti oblik i volumen (hidroksilna skupina u treoninu zamijenjena je metilnom) i u strukturi bjelančevine teško ih je razlikovati. Valin je esencijalna aminokiselina koju ljudski organizam ne može sintetizirati te se mora unijeti preko hrane.

• Kratice: Val, V
• IUPAC ime: 2-amino-3-metilbutanska kiselina
• Molekularna formula: C₅H₁₁NO₂
• Molekularna masa: 117.15 g/mol

koenzim    →   coenzyme

Koenzimi su organske neproteinske molekule, kao što su vitamini, koje se udružuju s enzimima u kataliziranju bikemijskih reakcija. Koenzimi u substrat-enzimskim interakcijama obično služe za prijenos određenih kemijskih skupina.

cistein    →   cysteine

Cistein je neutralna aminokiselina s polarnim pobočnim lancem. Zbog reaktivnosti tiolne skupine cistein ima brojne uloge u bjelančevinama. Osim što djeluje kao snažni nukleofil i ligand u kompleksima sa željezom i cinkom, najvažnije svojstvo cisteina je stvaranje disulfidne veze. Disulfidna veza igra važnu ulogu u stabilizaciji bjelančevina stvarajući čvrste veze među lancima, što je posebno važno za formiranje sekundarne i tercijarne strukture. Cistein se lako oksidira i pri tome nastaje kovalentno povezani dimer ove aminokiseline, cistin, u kojem su dvije molekule cisteina povezane disulfidnom vezom. Ostaci koji su povezani disulfidnim vezama jako su hidrofobni (nepolarni). Cistein nije esencijalna aminokiselina jer je ljudski organizam može sintetizirati.

• Kratice: Cys, C
• IUPAC ime: 2-amino-3-sulfanilpropanska kiselina
• Molekularna formula: C₃H₇NO₂S
• Molekularna masa: 121.16 g/mol

flotacija    →   flotation

Flotacija je postupak odjeljivanja hidrofobne čvrste tvari od hidrofilnih pomoću mjehurića zraka. Propuhivanjem zraka kroz suspenziju, u koju su dodane tvari za lakše stvaranje pjene, stvaraju se mjehurići zraka koji se hvataju na hidrofobnu tvar i iznose je na površinu.