KEMIJSKI RJEČNIK

triptofan    →   tryptophan

Triptofan je hidrofobna aminokiselina s aromatskim pobočnim lancem. Od ostalih aminokiselina razlikuje po indolnom prstenu u svojoj strukturi. Triptofan ima najveći pobočni lanac i obično se nalazi duboko u unutrašnjosti bjelančevine. Iako je najrjeđa aminokiselina važan je za stabilnost bjelančevina. Zbog svoje apsorpcije UV svjetla (kod 280 nm) služi kao sonda za praćenje konformacijskih promjena pri biokemijskim procesima. Za ljude, triptofan je esencijalna aminokiselina što znači da se ne može sintetizirati u organizmu već ga je potrebno unijeti hranom.

• Kratice: Trp, W
• IUPAC ime: 2-amino-3-(1H-indol-3-il)propanska kiselina
• Molekularna formula: C₁₁H₁₂N₂O₂
• Molekularna masa: 204.23 g/mol

tirozin    →   tyrosine

Tirozin je hidrofobna aminokiselina s aromatskim pobočnim lancem. Njegov veliki pobočni lanac obično ga smješta duboko u unutrašnjost bjelančevine. Tirozin ima specijalna svojstva zbog hidroksilne skupine na kraju svog pobočnog lanca koja može djelovati kao snažni nukleofilni centar (kad je ionizirana) u aktivnom mjestu enzima. On je često mjesto za fosforilaciju kod stanične signalizacije. Tirozin doprinosi apsorpciji UV zračenja bjelančevina (bjelančevine apsorbiraju UV zračenje između 275 i 280 nm). Ovo nije esencijalna aminokiselina jer se može sintetizirati u organizmu iz drugih metabolita.

• Kratice: Tyr, Y
• IUPAC ime: 2-amino-3-(4-hidroksifenil)propanska kiselina
• Molekularna formula: C₉H₁₁NO₃
• Molekularna masa: 181.19 g/mol

valin    →   valine

Valin je hidrofobna aminokiselina s alifatskim pobočnim lancem. To je jedna od tri aminokiseline koje imaju razgranati pobočni lanac (druge dvije su leucin i izoleucin). Ovaj lanac nije reaktivan ali igra važnu ulogu u stabiliziranju bjelančevina svojim hidrofobnim interakcijama. Valin i treonin imaju približno isti oblik i volumen (hidroksilna skupina u treoninu zamijenjena je metilnom) i u strukturi bjelančevine teško ih je razlikovati. Valin je esencijalna aminokiselina koju ljudski organizam ne može sintetizirati te se mora unijeti preko hrane.

• Kratice: Val, V
• IUPAC ime: 2-amino-3-metilbutanska kiselina
• Molekularna formula: C₅H₁₁NO₂
• Molekularna masa: 117.15 g/mol

voda    →   water

Voda (H₂O) (vodikov oksid) binarni je spoj koji je pri sobnoj temperaturi bistra, bezbojna tekućina bez okusa i mirisa. Smrzava se u led pri 0 °C a vrije pri 100 °C. Voda je neophodna svim živim organizmima. Voda je najčešće korišteno otapalo.

Wilsonova komora    →   Wilson’s chamber

Wilsonova komora služi za otkrivanje radioaktivnog zračenja. Wilsonova komora ima stakleni cilindar napunjen zrakom zasićenim vodenom parom. Radioaktivno zračenje na svom putu ionizira molekule plina koje onda služe kao središta kondenzacije vodene pare u vrlo sitne kapljice koje pokazuju Tyndallov efekt, tj. vide se kao svijetli trag.

zeolit    →   zeolite

Zeoliti su prirodni ili sintetički hidratizirani aluminosilikati s otvorenom trodimenzionalnom kristalnom strukturom, sačinjenoj od aluminijevih, silicijevih i kisikovih atoma u čijim se porama nalaze molekule vode. Voda se može istjerati zagrijavanjem i zeolit može zatim apsorbirati druge molekule odgovarajuće veličine. Zeoliti se koriste za razdvajanje smjesa selektivnom apsorpcijom i kao prirodni ionski izmjenjivači za mekšanje vode.

dipolarni ion    →   zwitterion

Dipolarni ili dvojni ion (zwitterion), poznat i kao unutarnja sol, jest ion koji ima pozitivan i negativan naboj na različitim mjestima iste molekule. Kako ion na sebi istovremeno ima suprotne naboje električki je neutralan. Dipolarni ioni nastaju iz spojeva koji u svojim molekulama imaju i kisele i bazne skupine (amfoliti).

Sve aminokiseline koje se mogu naći u bjelančevinama (proteinima) su amfoliti je sadrže kiselu karboksilnu skupinu (-COOH) i baznu amino skupinu (-NH₂). Aminokiseline u čvrstom stanju nalaze se u obliku dipolarnog iona. Dodatkom kiseline u otopinu koja sadrži dipolarne ione aminokiseline karboksilatna skupina prima proton (H⁺) i aminokiselina postaje pozitivno nabijena. Dodatkom lužine amino skupina gubi proton pri čemu aminokiselina postaje negativno nabijena.

Lennard-Jonesov potencijal    →   Lennard-Jones potential

Lennard-Jonesov potencijal (ili 12-6 potencijal) jednostavni je matematički model koji opisuje interakciju dva nevezana neutralna atoma (poznatu kao van der Waalsova interakcija). Predložio ga je 1924. britanski fizičar Sir John Edward Lennard-Jones (1894-1954). Lennard-Jonesov potencijal opisan je slijedećom reakcijom

gdje je: V potencijalna energija između dva atoma ili molekule, ε je dubina bunara i mjera je koliko jako dvije čestice privlače jedna drugu, σ je udaljenost na kojoj je potencijalna energija između dvije čestice jednaka nuli, r je udaljenost dvije čestice mjerena od centra jedne do centra druge čestice.