KEMIJSKI RJEČNIK

leucin    →   leucine

Leucin je hidrofobna aminokiselina s alifatskim pobočnim lancem. To je jedna od tri aminokiseline koje imaju razgranati pobočni lanac (druge dvije su valin i izoleucin). Ovaj lanac nije reaktivan ali igra važnu ulogu u stabiliziranju bjelančevina svojim hidrofobnim interakcijama. Razgranate bjelančevine čine do 25 % sadržaja prosječne bjelančevine. Leucin je esencijalna aminokiselina koju ljudski organizam ne može sintetizirati te se mora unijeti preko hrane.

• Kratice: Leu, L
• IUPAC ime: 2-amino-4-metilpentanska kiselina
• Molekularna formula: C₆H₁₃NO₂
• Molekularna masa: 131.17 g/mol

lizin    →   lysine

Lizin je nabijena aminokiselina s baznim pobočnim lancem. Amino skupina u pobočnom lancu je vrlo reaktivna i često je dio aktivnog mjesta u enzimima. Lizin ima značajnu ulogu u koordinaciji negativno nabijenih liganada. To je esencijalna aminokiselina koju ljudski organizam ne može sintetizirati te se mora unijeti preko hrane.

• Kratice: Lys, K
• IUPAC ime: 2,6-diaminoheksanska kiselina
• Molekularna formula: C₆H₁₄N₂O₂
• Molekularna masa: 146.19 g/mol

metionin    →   methionine

Metionin je neutralna aminokiselina s polarnim pobočnim lancem. On je jedna od dvije aminokiseline koje u svojoj strukturi imaju sumpor (druga je cistein). Metionin je hidrofobna aminokiselina i obično se može naći u unutrašnjosti bjelančevine. Može stupiti u interakciju s aromatskim prstenima aromatskih aminokiselina i važan je nositelj metilenske skupine za metiliranje. Metionin je esencijalna aminokiselina koju ljudski organizam ne može sintetizirati te se mora unijeti preko hrane.

• Kratice: Met, M
• IUPAC ime: 2-amino-4-metilsulfanilbutanska kiselina
• Molekularna formula: C₅H₁₁NO₂S
• Molekularna masa: 149.21 g/mol

oblik molekule    →   molecular shape

Oblik molekule je trodimenzionalni razmještaj atoma u prostoru oko centralnog atoma. Molekularna formula spoja ne može nam ukazati na njegov oblik. Na primjer, CO₂ je linearna molekula a SO₂ savijena.

Trodimenzionalni oblik mnogih malih molekula može se predvidjeti teorijom odbijanje elektronskih parova valentne ljuske (VSEPR). Kada se atomi kombiniraju u molekulu, parovi valentnih elektrona razmještaju se na najvećoj mogućoj udaljenosti jedan od drugoga. Drugi način za opisivanje oblika molekula je pomoću hibridiziranih orbitala.

fenilalanin    →   phenylalanine

Fenilalanin je hidrofobna aminokiselina s aromatskim pobočnim lancem. Zbog svoje velike hidrofobnosti jako je slabo topljiv u vodi i obično se smješta u unutrašnjost bjelančevina. Ovaj lanac nije reaktivan ali igra važnu ulogu u stabiliziranju bjelančevina svojim hidrofobnim interakcijama. Fenilalanin je esencijalna aminokiselina koju ljudski organizam ne može sintetizirati te se mora unijeti preko hrane.

• Kratice: Phe, F
• IUPAC ime: 2-amino-3-fenilpropanska kiselina
• Molekularna formula: C₉H₁₁NO₂
• Molekularna masa: 165.19 g/mol

prolin    →   proline

Prolin je hidrofobna aminokiselina s alifatskim pobočnim lancem prepoznatljive cikličke strukture. Sekundarna amino skupina (bolje rečeno imino skupina) zajedno s konformacijskim ograničenjima njegovog prstena smanjuju strukturnu fleksibilnost polipeptida. U područjima bjelančevina koje sadrže prolin dolazi do smanjenja fleksibilnosti. Prolin nije esencijalna aminokiselina jer je ljudski organizam može sintetizirati.

• Kratice: Pro, P
• IUPAC ime: pirolidin-2-karbonska kiselina
• Molekularna formula: C₅H₉NO₂
• Molekularna masa: 115.13 g/mol

serin    →   serine

Serin je neutralna aminokiselina s polarnim pobočnim lancem. To je jedna od dvije aminokiseline koje sadrže hidroksilnu skupinu u pobočnom lancu (druga je treonin). Obje su jako hidrofilne zbog mogućnosti stvaranja vodikove veze. U mnogim enzimima na aktivnim mjestima nalazi se serin čija je funkcija da posluži kao nukleofilni centar. Serin je mjesto na kojem dolazi do fosforilacije i glikolizacije što je važno za regulaciju enzima i staničnu signalizaciju. On je neesencijalna aminokiselina koja se sintetizira u ljudskom tijelu od drugih metabolita i glicina.

• Kratice: Ser, S
• IUPAC ime: 2-amino-3-hidroksipropanska kiselina
• Molekularna formula: C₃H₇NO₃
• Molekularna masa: 105.09 g/mol

treonin    →   threonine

Treonin je neutralna aminokiselina s polarnim pobočnim lancem. To je jedna od dvije aminokiseline koje sadrže hidroksilnu skupinu u pobočnom lancu (druga je serin). Za razliku od serina treonin ima sekundarnu hidroksilnu skupinu. Kako ima dva kiralna središta može imati četiri stereoizomera. Treonin je mjesto na kojem dolazi do fosforilacije i glikolizacije što je važno za regulaciju enzima i staničnu signalizaciju. Treonin je esencijalna aminokiselina koju ljudski organizam ne može sintetizirati te se mora unijeti hranom.

• Kratice: Thr, T
• IUPAC ime: 2-amino-3-hidroksibutanska kiselina
• Molekularna formula: C₄H₉NO₃
• Molekularna masa: 119.12 g/mol

triptofan    →   tryptophan

Triptofan je hidrofobna aminokiselina s aromatskim pobočnim lancem. Od ostalih aminokiselina razlikuje po indolnom prstenu u svojoj strukturi. Triptofan ima najveći pobočni lanac i obično se nalazi duboko u unutrašnjosti bjelančevine. Iako je najrjeđa aminokiselina važan je za stabilnost bjelančevina. Zbog svoje apsorpcije UV svjetla (kod 280 nm) služi kao sonda za praćenje konformacijskih promjena pri biokemijskim procesima. Za ljude, triptofan je esencijalna aminokiselina što znači da se ne može sintetizirati u organizmu već ga je potrebno unijeti hranom.

• Kratice: Trp, W
• IUPAC ime: 2-amino-3-(1H-indol-3-il)propanska kiselina
• Molekularna formula: C₁₁H₁₂N₂O₂
• Molekularna masa: 204.23 g/mol

tirozin    →   tyrosine

Tirozin je hidrofobna aminokiselina s aromatskim pobočnim lancem. Njegov veliki pobočni lanac obično ga smješta duboko u unutrašnjost bjelančevine. Tirozin ima specijalna svojstva zbog hidroksilne skupine na kraju svog pobočnog lanca koja može djelovati kao snažni nukleofilni centar (kad je ionizirana) u aktivnom mjestu enzima. On je često mjesto za fosforilaciju kod stanične signalizacije. Tirozin doprinosi apsorpciji UV zračenja bjelančevina (bjelančevine apsorbiraju UV zračenje između 275 i 280 nm). Ovo nije esencijalna aminokiselina jer se može sintetizirati u organizmu iz drugih metabolita.

• Kratice: Tyr, Y
• IUPAC ime: 2-amino-3-(4-hidroksifenil)propanska kiselina
• Molekularna formula: C₉H₁₁NO₃
• Molekularna masa: 181.19 g/mol